Главный Герой со своим товарищем Афином, для завершения учебной миссии организации ARKS, прибывают на планету Набериус. Однако в разгар экзамена раздается планетарная тревога, сигнализирующая о появлении Даркеров. На их удачу на подмогу дуэту приходит Зено, член ARKS второго поколения, помогая отбиться от даркеров. Покончив с противником, группа встречается с Эко, товарищем Зено, и возвращается на флот Оракул. Став полноценными членом ARKS, Главный Герой изучает устройство корабля ARKS, и историю флота Оракул. По ходу исследования он встречает Сион, наделяющей его способность путешествовать во времени. И это навсегда меняет его судьбу...