Продолжение полёта по космосу на огромном космическом корабле «Сидония». Пилот Таникадзе Нагатэ стал настоящим героем Сидонии, однако появляются новые противники и рыцаря Сидонии ждут новые трудности в его защите человечества от угрозы уничтожения.