Sidonia — космическое судно, ноев ковчег, призванный спасти остатки человечества от инопланетной угрозы, уничтожившей Солнечную систему. Десять столетий корабль дрейфует в космосе. Мир Нагате Таникадзе, героя истории, ограничен корпусом корабля. Но парень не простак — он бывал в глубинах корабля, где во тьме рождаются новые формы жизни.