Действия происходят в недалеком будущем, где из-за значительного повышения уровня мирового океана большая часть человеческой цивилизации оказалась под водой. Главный герой истории — парень по имени Икаруга Нацуки. Несколько лет назад он в результате несчастного случая потерял свою мать и лишился ноги. Единственное, что у него теперь осталось — это корабль, подводная лодка и огромные долги, доставшиеся от его бабушки-океанолога. Чтобы расплатиться с ними, Нацуки отправляется на поиски затонувших руин лаборатории, в которой она работала, ведь по слухам, она хранила там небывалые сокровища. Но вместо богатства парень находит там странную девушку, спящую в гробу на самом дне. Её имя — Атри, и она робот. Ну а за своё спасение она обещает помогать ему до тех пор, пока не исполнит свой последний приказ.