Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в NERV приходят два новых пилота: пилот павшего в первом же бою Евангелиона 05 Мари Илластриэс Макинами и пилот Евы-02, а позже Евы-03 Сикинами Аска Лэнгли. В тоже время Гендо Икари и SEELE приступают к секретному проекту, в котором задействованы Рей с Синдзи.