Приключения нелюдимого Наоты и взбалмошной Харухары Харуко уже давно закончились, но между тем война между «Medical Mechanica» и «Fraternity» захватила уже почти всю вселенную. Хидоми — обыкновенная девчонка-старшеклассница, неожидающая от жизни чего-либо необычного. Однако в её жизнь врывается новая учительница по имени Харуко, «Medical Mechanica» внезапно решает атаковать Землю, а Хидоми обнаруживает в себе секрет, способный спасти всех, но только Харуко может разгадат его. Но почему Харуко вернулась на Землю? Что стало с её гитарой Rickenbacker 4001, которая осталась у Наоты? Куда пропал андроид Канти?